Nuestra  institución fue inaugurada en octubre de 2000 en el marco de las III Jornadas de "Enseñar la ciudad y los Museos" organizadas por la Universidad Nacional de Mar del Plata y la Secretaría de Cultura de la Municipalidad de General Pueyrredón y tuvo su sede durante 14 años en la Asociación Vecinal de Fomento Alfar. Los trabajos que emprende el Museo Guillermo Magrassi tienen relación con tareas de protección del patrimonio cultural y arqueológico de la zona sudeste bonaerense bajo el asesoramiento de investigadores del Conicet.

Elabora interinstitucionalmente junto a establecimientos educativos del nivel inicial, primario y secundario, proyectos de protección y concientización de áreas natural y culturalmente protegidas.

Difunde mediante charlas, seminarios y jornadas conocimientos de sus áreas temáticas permitiendo el intercambio de opiniones y la difusión activa entre el pensamiento académico y la comunidad.

Ha firmado convenios de colaboración mutua con distintas unidades académicas de universidades públicas y privadas como la UNDMP, UNLP, entre otras.

Organiza acciones directas junto a diversas ONGS, instituciones intermedias, oficiales y privadas.

Edita publicaciones periódicas sobre los temas de investigación. Ha organizado en los años 2003, 2004, 2006, 2008 y 2010 las Jornadas de Homenaje a Guillermo Magrassi con amplia difusión y asistencia de público.

Trabaja colaborativamente con Universidades nacionales, museos y archivos históricos de todo el país.

En el año 2008 propició y organizó uno de los hallazgos arqueológicos más importantes de la zona costera bonaerense, el sitio Alfar, conjuntamente con el equipo de arqueología de la UNLP, la municipalidad de General Pueyrredón y el departamento de patrimonio de la Provincia de Buenos Aires. 

Desde 2014  hasta 2018 sus exhibiciones permanentes o temporarias, se exhibieron en el Espacio Faro de la Memoria. En octubre de 2016 se inauguró la nueva sala dentro del mencionado espacio. 

En la actualidad nuestra entidad ya no participa de ese espacio. Las actividades del Museo se circunscriben al predio Daniel Santamaría.